Quy định chưa rõ ràng, DN “vướng từ khâu kê khai đến hoàn thuế”

Sau hơn 3 tháng triển khai, Luật thuế GTGT mới đã cho thấy nhiều vướng mắc, bất cập, đặc biệt là trong cách áp dụng quy định thuế đối với các sản phẩm nông sản, lâm sản và thủy sản - những ngành hàng không chỉ mang tính chiến lược trong xuất khẩu, mà còn đảm bảo sinh kế cho hàng chục triệu nông dân và người lao động trên cả nước.

Theo các hiệp hội ngành hàng, nhiều quy định trong Luật Thuế GTGT mới vẫn chưa phù hợp với đặc thù của hoạt động sản xuất, kinh doanh trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản, những ngành có tính mùa vụ cao, luân chuyển vốn nhanh và phụ thuộc lớn vào xuất khẩu.

Tổng Thư ký Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) Nguyễn Hoài Nam cho biết, DN thủy sản hiện đang đối mặt với bài toán “tiền treo trên giấy”. Dù cùng là sản phẩm thủy sản tươi sống, chưa qua chế biến sâu, nhưng DN lại phải áp dụng hai mức thuế khác nhau: một số sản phẩm thuộc diện không chịu thuế, trong khi các sản phẩm khác lại chịu thuế 5%. “Sự chồng chéo trong quy định khiến DN phải tạm nộp thuế và chờ hoàn. Thế nhưng, thủ tục hoàn thuế hiện rất phức tạp, kéo dài hàng tháng, thậm chí hàng quý, gây ứ đọng dòng tiền lớn. Có DN phải chờ hoàn thuế tới hàng trăm tỷ đồng, trong khi nhu cầu vốn lưu động để mua nguyên liệu là thường xuyên” - ông Nam chia sẻ.

Không chỉ mất thời gian, quy trình hoàn thuế hiện còn đòi hỏi DN cung cấp hồ sơ chứng minh nguồn gốc nguyên liệu đầu vào, điều gần như bất khả thi trong chuỗi thu mua từ nông dân hoặc qua thương lái nhỏ lẻ. “Phần lớn hộ dân chưa sử dụng hóa đơn điện tử, trong khi DN bị yêu cầu truy xuất đến từng lô hàng, từng hộ cung cấp. Đây là yêu cầu quá sức đối với DN xuất khẩu nông sản” - ông Nam nói thêm.

Đại diện Hiệp hội Lương thực Việt Nam (VFA) cũng nêu thực tế tương tự. Từ tháng 7/2025, mặt hàng gạo sẽ được chuyển từ diện không chịu thuế sang chịu thuế 5%. Điều này khiến DN phải nộp trước một khoản thuế GTGT đáng kể, chờ được hoàn lại sau khi xuất khẩu. Với khối lượng giao dịch lớn, chỉ cần một lô hàng chậm hoàn thuế cũng khiến DN bị ứ đọng hàng chục tỷ đồng. Nếu kéo dài, DN không còn đủ vốn thu mua lúa trong mùa vụ, gián tiếp ảnh hưởng đến nông dân.

Trong khi đó, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam (VIFORES) Ngô Sỹ Hoài cho biết, ngành gỗ cũng đang gặp khó vì chưa có hướng dẫn cụ thể về khái niệm “sơ chế thông thường”. Cùng một loại sản phẩm, có địa phương áp thuế 0%, nơi khác lại áp 5%. DN không biết kê khai theo cách nào mới đúng, khiến quá trình hoàn thuế bị tạm dừng, kéo dài. Hiện đã có hàng nghìn tỷ đồng thuế GTGT của ngành gỗ bị treo lại.

Một trong những điểm gây tranh luận lớn là cách xác định đối tượng chịu và không chịu thuế. Phó Chủ tịch Hiệp hội Cà phê – Ca cao Việt Nam (VICOFA) Thái Như Hiệp cho rằng, cà phê nhân xanh – sản phẩm chưa qua chế biến sâu, nhưng có giá trị xuất khẩu cao lại bị áp thuế GTGT 5%. Đây là điều vô lý, làm giảm năng lực cạnh tranh của cà phê Việt Nam so với các nước trong khu vực.

Theo ông Hiệp, việc áp thuế GTGT với cà phê nhân xanh không chỉ ảnh hưởng đến dòng vốn của DN mà còn làm tăng giá thành xuất khẩu, giảm sức hút với nhà nhập khẩu. “Chúng tôi kiến nghị đưa cà phê nhân xanh về diện không chịu thuế, không phải kê khai, tính thuế như trước đây để đảm bảo công bằng và giảm thiểu gian lận thương mại” – ông Hiệp nói.

Còn đại diện Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam Đỗ Kim Chi, cho biết nhiều DN bị áp sai thuế suất khi mua nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi. Luật quy định đây là đối tượng không chịu thuế, nhưng ở một số địa phương, cơ quan thuế vẫn yêu cầu nộp 5%. Việc áp dụng không thống nhất khiến DN đội chi phí sản xuất, đẩy giá thành lên cao, người chăn nuôi là đối tượng chịu thiệt nhiều nhất.

Cần cách tiếp cận linh hoạt và thực tiễn

Từ thực tiễn triển khai và phản ánh của DN, các hiệp hội ngành hàng thống nhất kiến nghị Chính phủ và Bộ Tài chính xem xét điều chỉnh chính sách thuế GTGT, đưa các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến bao gồm nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi trở lại diện không phải kê khai, tính thuế, như quy định trước đây. Đồng thời, cộng đồng DN đề xuất đơn giản hóa, rút ngắn thủ tục hoàn thuế, ban hành hướng dẫn chi tiết, thống nhất trên phạm vi toàn quốc để tránh tình trạng “mỗi nơi một kiểu”. Việc ứng dụng công nghệ số trong xử lý và giám sát hồ sơ hoàn thuế cũng được khuyến khích nhằm tăng tính minh bạch và giảm tiếp xúc trực tiếp giữa DN và cán bộ thuế.

Ở góc độ chuyên gia, Chủ tịch Hội Tư vấn Thuế Việt Nam Nguyễn Thị Cúc nhận định, một chính sách thuế được thiết kế tốt có thể mở rộng cơ hội kinh doanh, khai phá thị trường và xây dựng văn hóa nộp thuế văn minh. Nhưng nếu thiếu minh bạch, điều tiết chưa hợp lý sẽ gây khó khăn cho DN và làm giảm hiệu quả quản trị.

Theo bà Cúc, hiện nhiều quy định trong Luật GTGT vẫn thiếu rõ ràng. Sản phẩm thức ăn chăn nuôi tự sản xuất thì không chịu thuế GTGT, nhưng nếu qua khâu thương mại lại phải chịu 5%. Tương tự, cà phê mua trực tiếp từ nông dân thì không chịu thuế, còn mua qua thương nhân lại khác. Những bất cập này không chỉ gây khó cho DN chân chính mà còn tạo kẽ hở cho gian lận, khiến cơ quan quản lý khó kiểm soát.

Phó Tổng Thư ký kiêm Trưởng Ban Pháp chế Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) Đậu Anh Tuấn cho rằng, chính sách thuế mới chỉ phát huy hiệu quả khi được hướng dẫn rõ ràng, đồng bộ. Nếu quy định chưa đủ cụ thể, doanh nghiệp sẽ không dám làm, còn cơ quan quản lý lại dễ rơi vào thế lúng túng khi kiểm tra, giám sát.

Theo ông Đậu Anh Tuấn, ngoài việc điều chỉnh chính sách, Bộ Tài chính cần tăng cường đối thoại thường xuyên với cộng đồng doanh nghiệp, đặc biệt trong giai đoạn chuyển tiếp. Chỉ khi tiếng nói của doanh nghiệp được lắng nghe, những bất cập mới được xử lý kịp thời, đảm bảo mục tiêu của luật là tạo thuận lợi chứ không gây ách tắc.

Luật Thuế GTGT mới mang ý nghĩa tích cực về cải cách thể chế, nhưng nếu không có cơ chế linh hoạt và cách thực thi phù hợp, nó có thể trở thành “nút thắt” cho DN sản xuất, xuất khẩu. Từ thực tế phản ánh, giới chuyên gia cho rằng việc thiết kế chính sách cần đảm bảo hai nguyên tắc: rõ ràng, khả thi, tránh để những quy định pháp lý “đi trước” năng lực thực tiễn của DN.